هیأت امنا
جهاددانشگاهی مطابق اساسنامه مصوب جلسات 262 و 263 شورای عالی انقلاب فرهنگی "نهادی است عمومی و غیردولتی زیر نظر شورای عالی انقلاب فرهنگی، دارای شخصیت مستقل" با اهداف" گسترش تحقیقات و شکوفایی روحیه تتبع استعدادها، درسطح جامعه برای نیل به خود اتکایی ، توسعه امور فرهنگی، گسترش طرحهای کاربردی و نیمه صنعتی" با وظایفی که در ماده سوم اساسنامه به عهده آن گذاشته شده است فعالیت دارد.
در اساسنامه برای این نهاد سه رکن در نظر گرفته شده است.
- عالی‌ترین مرجع سیاستگذاری (هیأت امناء)
- بالاترین مقام اجرایی (رییس جهادانشگاهی)
- تعیین کننده خط مشی و ناظر بر فعالیت ها (شورای علمی)
هیات امنای جهاددانشگاهی براساس ماده چهارم و پنجم اساسنامه مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی به عنوان یکی از ارکان جهاددانشگاهی به عنوان،"عالی‌ترین مرجع سیاستگذاری" این نهاد شناخته می‌شود.
در راستای اجرای وظایف کلی جهاددانشگاهی و اجرای سیاست‌های تبیین شده توسط هیات امنا و جهت فراهم آوردن زمینه فعالیت‌های علمی و پژوهشی، اجرای دوره‌های رسمی و آموزش‌های علمی کاربردی و تبلیغ و ترویج فرهنگ و هنر اسلامی و برنامه‌ریزی فرهنگی و تربیتی، چهار حوزه معاونت پژوهش و فناوری، آموزشی، فرهنگی، پشتیبانی و امور مجلس در ستاد مرکزی جهاد که "دفترمرکزی جهاددانشگاهی" نامیده می‌شود تشکیل شده است.
هیات امنا شامل: دکتر طیبی (رییس هیات امنا)، دکتر محمدعلی زلفی گل(وزیر علوم، تحقیقات و فناوری)، دکتربهرام عین اللهی (وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی)، حجت الاسلام و المسلمین دکتر مصطفی رستمی (رییس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها)، دکتر سید مسعود میرکاظمی (معاون رییس جمهور و رییس سازمان مدیریت برنامه ریزی کشور)، حجت الاسلام و المسلمین دکتر سید سعید رضا عاملی(دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی)، دکتر شاهوردی(عضو هیات علمی و رییس پژوهشگاه رویان جهاددانشگاهی)، دکتر قرنفلی (عضو هیات علمی و مشاور رییس جهاددانشگاهی) و دکتر ایمانی خوشخو (عضو هیات علمی و رییس پارک علوم و فناوری‌های نرم و صنایع فرهنگی جهاددانشگاهی) می شود.
گفتنی است، دکتر محمدرضا پورعابدی – دبیر هیات امنا و معاون پژوهش و فناوری جهاددانشگاهی می باشد.
دکتر بهرام عین اللهی دکتر حمیدرضا طیبی دکتر محمدعلی زلفی گل
حجت‌الاسلام دکترسیدسعید رضا عاملی دکتر سیدمسعود میرکاظمی حجت‌الاسلام دکتر مصطفی رستمی
دکتر محمدحسین ایمانی خوشخو دکتر عبدالحسین شاهوردی دکتر محسن قرنفلی