از جمله وظایف این اداره، برنامه‌ریزی فعالیت‌های پژوهشی، پیگیری روند اجرایی طرح‌ها، انجام امور نیازسنجی و پروژه‌یابی و همکاری با اداره مالی جهت انعقاد قرارداد طرح‌ها و تهیه و تنظیم گزارش سالیانه است. این اداره به منظور سازماندهی طرح‌های تحقیقاتی و پیگیری امور اجرایی و اداری مربوط به آنها از سه قسمت به شرح زیر تشکیل شده است:

1. پروژه یابی: این قسمت در دو مرحله مطالعات پروژه‌یابی و کشف زمینه‌های جدید همکاری با سایر نهادها و پیگیری تبدیل طرحنامه‌ها به طرح‌های تصویب شده فعالیت می‌کند.

2. نظارت و پیگیری: این قسمت از دو بخش طرح‌های کارفرمایی و داخلی تشکیل شده است. بخش طرح‌های کارفرمایی، وظیفه نظارت و پیگیری طرح‌هایی را بر عهده دارد که حاصل همکاری با سایر نهادها و دستگاه‌های اجرایی است. اما بخش طرح‌های داخلی، طرح‌هایی را نظارت و پیگیری می‌کند که اعتبار آنها از سوی دفتر مرکزی جهاد دانشگاهی یا پژوهشگاه تأمین شده و اغلب در قالب شبکه برنامه (c.p.m) گروه‌های پژوهشی پژوهشگاه اجرا می‌شوند.

3. مستندسازی: این قسمت مسئول جمع‌آوری و دسته‌بندی مناسب کلیه فعالیت‌های پژوهشی، انتشار خبرنامه داخلی، بایگانی پرونده سوابق علمی اعضای هیأت علمی است.