پژوهشکده علوم انسانی دارای سه گروه پژوهشی فعال می‌باشد. تشکیلات سازمانی هر گروه عبارت است از: مدیر گروه، شورای علمی، دبیرشورا و اعضای گروه.

گروه‌های پژوهشی این پژوهشکده عبارت است از:

• گروه پژوهشی الهیات و فلسفه
• گروه پژوهشی زبان و ادبیات فارسی
• گروه پژوهشی علوم سیاسی