کتابخانه پژوهشگاه از اواسط سال 1385 مطابق با اصول علمی و استاندارد کتابداری راه اندازی و ساماندهی شده است و از سال 1389 مجهز به نرم افزار کتابخانه ای سیمرغ شده است. در سیستم امانات سیمرغ تا به امروز تعداد 370 نفر عضو ثبت شده است که به دو گروه اعضای درون سازمانی و برون سازمانی تفکیک می شوند. مجموعه در حال حاضر دارای 11231 عنوان کتاب فارسی مشتمل بر 14357 نسخه و 542 عنوان کتاب عربی مشتمل بر 1041 نسخه و 339 عنوان کتاب لاتین مشتمل بر 427 نسخه است، که در مجموع 12112 عنوان کتاب و 15825 نسخه کتاب را در بر می گیرد. بیشترین گرایش موضوعی مجموعه اختصاص به علوم انسانی و اجتماعی و موضوع های مرتبط با آن دارد و عمدتاٌ کتابها در زمینه علوم دینی، تاریخ ادیان، عرفان، فلسفه، جامعه شناسی، علوم سیاسی، تاریخ و ادبیات است.
نشریات: تعداد 69 عنوان نشریه صحافی و گردآوری شده است و همچنین 70 عنوان نشریه آماده صحافی می باشد همچنین تعداد 76 عنوان فصلنامه و ماهنامه تخصصی، علمی و پژوهشی، نشریات جاری کتابخانه را تشکیل می دهد.
منابع دیگر: بخشی از منابع مکتوب این مجموعه اختصاص دارد به تعداد 224 عنوان گزارش پژوهشی که توسط پژوهشگاه انجام شده و 125 عنوان مربوط به بخش های دیگر جهاد دانشگاهی و 183 عنوان پایان نامه. تعداد 24 عنوان لوح فشرده نیز وارد پایگاه کتابخانه شده است. علاوه بر این 4994 کتاب لاتین الکترونیک از سایتهای اینترنتی دانلود و رده بندی شده است.
پایگاه های موجود در کتابخانه: پایگاه کتابخانه پژوهشگاه، پایگاه گزارشهای پژوهشی، پایگاه پایان نامه ها، پایگاه نشریات ادواری، علاوه بر بخش اصلی و مخزن کتاب که به صورت باز و در دسترس استفاده کنندگان است، دیگر بخش ها شامل: مرجع، نشریات، گزارشها و پایان نامه ها و بخش امانت و سالن مطالعه است.