معاونت پژوهشی مسئول پیگیری امور پژوهشی و هماهنگی و نظارت بر حسن اجرای طرح‏های پژوهشی است.

مهمترین وظایف این معاونت عبارتند از:

1. اعمال سیاست ها و خط مشی های پژوهشی پژوهشگاه در قالب برنامه های بلندمدت جهاد دانشگاهی در زمینه های مختلف علمی

2. نظارت بر فعالیت های حوزه پژوهش و ایجاد هماهنگی بین پژوهشکده ها

3. سیاستگذاری و هدایت فعالیت پژوهشی و خدمات تخصصی و ارائه راهنمایی های لازم

4. اتخاذ تدابیر لازم جهت بهره برداری از نتایج تحقیقات و فعالیت های علمی و پژوهشی

5. فراهم آوردن زمینه های همکاری پژوهشکده ها و گروه های پژوهشی با سازمان های دیگر

6. فراهم آوردن امکانات اطلاع رسانی و منابع علمی پژوهشگاه

این معاونت دارای سه اداره به شرح زیر می باشد:

- اداره امور پژوهشی

- اداره راهبری و نیازسنجی پژوهش

- اداره انتشارات علمی