رییس پژوهشگاه از بین اعضاء هیأت علمی جهاد که دارای تخصص در زمینه فعالیت پژوهشگاه باشد، به پیشنهاد رئیس جهاد، تأیید هیأت امنا و با حکم رئیس جهاد برای مدت 3 سال منصوب می شود.

وظایف و اختیارات رئیس:

1. اداره و هدایت امور پژوهشگاه و نظارت بر حسن اجرای کلیه فعالیت ها در چارچوب اساسنامه، ضوابط و مقررات مربوط
2. پیشنهاد تشکیلات پژوهشگاه به رئیس جهاد برای تصویب
3. نظارت بر حسن اجرای طرحهای تحقیقاتی و بهره برداری مناسب از آن ها
4. پیشنهاد رؤسای پژوهشکده ها به رئیس جهاد
5. صدور احکام رؤسای پژوهشکده ها، مدیران و معاونان پژوهشگاه بر اساس تشکیلات مصوب و رعایت مقررات جهاددانشگاهی
6. ارائه گزارش عملکرد سالانه پژوهشگاه به رئیس جهاد
7. امضای قراردادها و اسناد مالی و اداری در چارچوب ضوابط و مقررات مصوب جهاد
8. تنظیم و پیشنهاد بودجه سالانه و تفصیلی به رئیس جهاد
9. تنظیم و پیشنهاد برنامه سالانه، میان مدت و بلند مدت در چارچوب برنامه توسعه و چشم انداز بیست ساله جهاد به رئیس جهاد
10. نظارت بر حُسن اجرای وظایف مدیران پژوهشگاه و ایجاد هماهنگی بین آن ها
11. پیگیری مصوبات شورای علمی پژوهشگاه
12. پیگیری و انجام سایر امور محوله از سوی رئیس جهاددانشگاهی